Podle dochovaných písemných zpráv z kronik se první zmínky o školní výuce uvádí v roce 1790. Tehdy byla v obci zřízena knížetem Aloisem z Lichtenštejna jednotřídní škola. Budova byla postupem času pro větší počet dětí nevyhovující, a proto bylo v roce 1886 rozhodnuto postavit novou školní budovu a umístit ji na pozemek za kostel sv. Aloise. S výstavbou se započalo v roce 1889. Vyučování v nové školní budově bylo zahájeno 3. února 1891. Vyučovalo se ve dvou třídách. V roce 1892 byla škola rozšířena na trojtřídní, v roce 1920 na čtyřtřídní. V pěti třídách se začalo vyučovat ve školním roce 1928/29.
Ve školním roce 1945/46 byla v Otnicích zřízena měšťanská újezdská škola pro žáky z Otnic, Lovčiček, Milešovic a Bošovic. Zároveň bylo rozhodnuto, že v roce 1947 bude zahájena výstavba nové školní budovy. Vyučovat v ní se začalo 1. září 1951. Na tehdejší dobu byla velmi moderní, vybavena vodovodem, kuchyňským zařízením, umývárnami se sprchami, automatickým zvoněním, kotelnou na pevná paliva, novým školním nábytkem. Veškeré pozemky školy byly oploceny, takže školní komplex tvoří samostatný uzavřený celek. Zařízení školy se postupně doplňovalo v průběhu dalších let.
V současné době byla škola rozšířena o učebnu informatiky a posilovnu. V roce 1994 byla provedena výměna oken, v roce 1997 byla plynofikována kotelna.
Součástí školy je školní družina.
Dne 30. června 2001, po ukončení školního roku 2000-2001, oslavili všichni žáci, učitelé i pamětníci 50. výročí zahájení (první zvonění se rozlehlo 1. září 1951) vyučování v nové – stávající budově školy.
Poslední velká rekonstrukce školy proběhla na jaře roku 2009. Byla vyměněna všechna stará dřevěná okna a nahrazena novými dřevěnými eurookny. Zároveň bylo provedeno zateplení celé budovy a škola dostala nový kabát.